IMF se organiza de acuerdo con la Norma 01/2014, reguladora del Régimen Interior del Centro, que establece la preceptiva existencia del Claustro como máximo órgano de representación de la comunidad universitaria, la Junta de Centro como órgano académico colegiado superior, y el Consejo Asesor como el órgano consultivo del Centro. Así mismo establece como órganos académicos unipersonales el Decanato, el Vicedecanato, la Secretaría y las Direcciones de los estudios implantados. 

El Centro impulsa un programa que organiza diversas líneas de investigación en convenio con la Fundación Layret. Esta labor se ordena de acuerdo con una estrategia y unos objetivos singulares. El criterio basilar que guía su desarrollo es el compromiso con la participación del alumnado en dichas líneas de investigación.