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La Universidad de Cuenca tiene su sede en la ciudad del mismo nombre, capital de la provincia del Azuay, a su vez cabecera de la región centro-sur del Ecuador. Por razones de presencia histórica, política y cultural, Cuenca es una de las tres ciudades con mayor importancia en el Ecuador. Creada por decreto legislativo del 15 de octubre de 1867, la Universidad de Cuenca se denomina inicialmente Corporación Universitaria del Azuay. Los sectores progresistas encabezados por el primer Rector de la institución, el Dr. Benigno Malo Valdivieso, buscaban el inicio de un nuevo orden educativo y de desarrollo de la región, libre de las ataduras del centralismo.
Bajo el impacto de la Revolución Liberal de 1895, la ley de Instrucción Pública en junio de 1897 consagra el reconocimiento de la condición propiamente universitaria de la Corporación del Azuay, que por un tiempo se llama Universidad del Azuay Por aquella época surge un nuevo actor social, el estudiante, figura difundida en el continente por la Reforma argentina de Córdoba en 1918, y una representación estudiantil es admitida en la Universidad en octubre de 1919. Durante el rectorado del Dr. José Peralta (1923-1925) se introduce la función de extensión universitaria.
Desde 1926, ahora con su nombre definitivo de Universidad de Cuenca, incorpora plenamente el principio de autonomía. El Rector es elegido por la Asamblea Universitaria, formada a su vez por los profesores y una representación estudiantil proporcional.
Ante la agitación social en que participan activamente sectores estudiantiles, el gobierno dictatorial de José María Velasco Ibarra clausura las universidades estatales en junio de 1970, una situación que se prolonga en hasta comienzos de 1971.
Luego de la reapertura de las universidades, y para apoyar el crecimiento técnico y sociales de la región la Universidad crea las Escuelas de Administración de Empresas (1971), Ingeniería Eléctrica (1972), Sociología (1975), Tecnología Médica, Ingeniería Agronómica y Medicina Veterinaria (1979), estas últimas integradas actualmente en la Facultad de Ciencias Agropecuarias.
En la década de los 80 se forman las Escuelas de Contabilidad Superior (1981), Educación Física (1987) y Artes Visuales (1988). Paralelamente, impulsa la institucionalización de la investigación científica con el Instituto de Investigaciones Sociales (1976), En 1980 y 1983 se crean los Institutos de Investigaciones de Ciencias Técnicas (1980) y de Ciencias de la Salud (1983). En 1996, estos organismos se integran en el Instituto de Investigaciones Científicas.
A comienzos del siglo XXI, una perspectiva de conjunto permite afirmar que la Universidad de Cuenca ha trascendido largamente el ámbito regional. Estudiantes ecuatorianos y de diversas nacionalidades se forman en sus Facultades de Jurisprudencia (Escuelas de Derecho, Trabajo Social); Ciencias Médicas (Escuelas de Medicina, Tecnología Médica, Enfermería); Arquitectura (Escuelas de Arquitectura y Artes Visuales); Ingeniería (Escuelas de Ingeniería Civil, Ingeniería Eléctrica, Informática); Ciencias Químicas (Escuelas de Ingeniería Química, Bioquímica y Farmacia, Ingeniería Industrial); Ciencias Agropecuarias (Escuelas de Ingeniería Agronómica, Medicina Veterinaria); Odontología (Escuela de Odontología); Ciencias Económicas (Escuelas de Economía, Contabilidad Superior, Administración de Empresas, Sociología); Filosofía y Ciencias de la Educación (Escuelas de Lengua y Literatura, Filosofía y Ciencias Sociales, Ciencias de la Comunicación, Psicología y Pedagogía, Educación Física). Posee un Centro de Postgrado que organiza las políticas académicas de cuarto nivel, y un Departamento de Desarrollo Informático a cargo de capacitación y aplicaciones en tecnologías de la información.
En el aspecto cultural y de difusión, edita un promedio de 70 a 80 publicaciones anuales bajo la coordinación del Departamento de Información y Cultura. A fin de reforzar el cultivo de las artes, la Universidad cuenta con una Orquesta de Cámara, un Grupo Polifónico, un Grupo de Danza y un Departamento de Cine y Teatro.
Carrera de Ingeniería Eléctrica
Carrera de Enfermería
Carrera en Medicina
Carrera en Ingeniería Industrial
Carrera en Psicología Educativa